Cũng giống bất cứ nhà thần học nào khác, Calvin cũng là mục tiêu của sự phê bình. Phản hồi những cáo buộc của Pierre Caroli, Calvin bảo vệ niềm tin của ông về giáo lý Ba Ngôi trong Confessio de Trinitate propter calumnias P. Caroli.[83] Năm 1551, Jérôme-Hermès Bolsec, một thầy thuốc ở Geneva, tấn công giáo lý tiền định của Calvin, và cáo buộc ông đã biến Thiên Chúa thành tác nhân gây ra tội lỗi. Bolsec bị trục xuất khỏi thành phố. Sau khi Calin qua đời, Bolsec viết một quyển tiểu sử phỉ báng Calvin thậm tệ.[84] Trong năm sau, Joachim Westphal, một quản nhiệm ở Hamburg, gọi Calvin và Zwingli là dị giáo vì đã bác bỏ giáo thuyết về sự hiệp nhất của thân thể Chúa Cơ Đốc với bánh và nước trong Tiệc thánh. Cuốn Defensio sanae et orthodoxae doctrinae de sacramentis được ấn hành năm 1555 của Calvin là câu trả lời cho vấn đề này.[85] Năm 1556, Justus Velsius, một nhà bất đồng chính kiến người Hà Lan, mở một cuộc tranh luận công khai với Calvin về giáo lý tiền định. Sau vụ án Servetus, một đồng sự thân cận với Calvin, Sebastian Castellio, công khai bất đồng với Calvin về vấn đề ly giáo. Trong quyển Chuyên luận về Ly giáo (1554), Castellio cho rằng cần quan tâm nhiều hơn về giáo huấn đạo đức của Chúa Giê-xu thay vì tập chú quá nhiều vào những lập luận hư không của thần học,[86] về sau ông phát triển chủ trương bao dung lập nền trên những nguyên lý của Kinh Thánh.[87]

Calvin và người Do Thái

Cũng còn bất đồng trong vòng các học giả về quan điểm của Calvin đối với người Do Thái và đạo Do Thái. Một số học giả cho rằng trong số những nhà cải cách cùng thời với Calvin, nhất là khi so sánh với Martin Luther, Calvin là người ít chống Do Thái nhất,[88] trong khi những người khác suy nghĩ ngược lại.[89] Tuy nhiên, có sự đồng thuận rằng cần có sự phân biệt giữa quan điểm của Calvin đối với người Do Thái trong Kinh Thánh và thái độ của ông đối với người Do Thái đương thời. Trong thần học, Calvin không thấy có sự khác biệt giữa dân Israel và Giao ước mới. Ông viết, "tất cả con dân của lời hứa, được tái sinh bởi Thiên Chúa, bởi đức tin thể hiện qua tình yêu thương vâng phục mạng lịnh của Ngài, đều thuộc về Giao ước mới kể từ lúc khởi thủy của thế giới." [90] Mặt khác, ông tin rằng dân Do Thái là một dân tộc bị từ bỏ cho đến khi họ chấp nhận Chúa Giê-xu để được phục hồi địa vị trong giao ước mới.[91]

Trong thời ấy, hầu hết cơ hội để Calvin bày tỏ lập trường của ông về người Do Thái đều xảy ra trong khuôn khổ các cuộc bút chiến. Lấy thí dụ, đã một lần Calvin viết, "Tôi tranh luận nhiều lần với nhiều người Do Thái: chưa bao giờ tôi thấy một chút lòng sùng kính hay một ít chân lý hoặc sự chân thật – không chút nào, tôi chưa bao giờ thấy đồng cảm với người Do Thái."[92] Trong khía cạnh này, chẳng có sự khác biệt nào giữa Calvin với những nhà thần học Kháng Cách hoặc Công giáo cùng thời với ông.[93] Không chỉ xem xét vấn đề người Do Thái và Do Thái giáo trong tiểu luận Trả lời những câu hỏi và chống đối của một người Do Thái,[94] Calvin còn lập luận rằng người Do Thái đã hiểu sai Kinh Thánh của họ bởi vì họ không tin vào sự nhất quán giữa Cựu Ước và Tân Ước.[95] Calvin viết rằng sự bại hoại và sự cố chấp của người Do Thái khiến họ bị đàn áp triền miên và họ sẽ chết trong sự khốn cùng mà không được ai thương xót."[96]